当臭氧发生器用于水处理技术等场所时，可能影响发生器的效率和稳定性，因此在设计臭氧发生器软件系统时应注意下列难题。

(1)发生器原料气体不可含有烃类、腐蚀性气体和其他氧/臭氧/电晕环境反映，对设备安全造成危害或毁坏的物质。众所周知，爆炸的三个要素是燃料、氧化剂和火源，臭氧发生器的电晕环境已经存有氧化剂和火源2个。

(2)进气压力不能无控制地改变。因为气压影响电晕功率的诱导和跨越电极化体的电压，大范围的压力转变使发生器运行不可靠。超出电晕功率范畴时，保险丝和自动断电器会破裂。超出外界电压峰值，电极化体太早无效。

(3)臭氧发生器系统设计时，务必能避免大量水进到到发生器内。水封气路压缩机用的波动阀和空气干燥器的凝结水阀阻塞，发生器会在室内注水。电晕室内大量浸泡会造成电晕集中、高电流强度和部分电介发烫，造成电介太早无效。